Bases du séquençage haut débit : de la théorie à la pratique
Durée
3 jours, 21 heures
Modalité
Objectifs
Comprendre les principes fondamentaux du séquençage haut débit
Maîtriser les techniques et les étapes clés du séquençage haut débit
Analyser et interpréter les données générées par le séquençage haut débit
Prérequis
Connaissances de base en biologie moléculaire et en PCR
Public cible
Technicien, Cadre, Biologiste, Ingénieur, Chercheur
Financement
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Salariés
CDI, CDD, secteur privé
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Entreprises
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Fonction publique
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Programme
Expliquer les principes et les technologies du séquençage haut débit
- Évolution du séquençage de l'ADN et introduction au séquençage haut débit
- Comparaison des principales technologies de séquençage haut débit : Illumina, Ion Torrent, PacBio, Oxford Nanopore, etc.
- Principe de base de la génération de données de séquençage haut débit
Décrire les étapes pré-séquençage
- Extraction et purification de l'ADN ou de l'ARN à partir d'échantillons biologiques
- Préparation des bibliothèques d'ADN ou d'ARN pour le séquençage
- Contrôles de qualité et quantification des échantillons avant le séquençage
Décrire les étapes de séquençage
- Introduction aux techniques d'amplification et de clonage pour l'amplification des échantillons avant le séquençage
- Utilisation des plates-formes de séquençage haut débit pour la génération de données
- Principe de la lecture des séquences et de la génération des signaux
Analyser les données de séquençage haut débit
- Contrôle qualité des données brutes et filtrage des séquences de mauvaise qualité
- Alignement des lectures sur un génome de référence ou assemblage de novo des séquences
- Analyse des variants génétiques, détection des mutations, et annotation des résultats
Interpréter les résultats et analyser les données
- Étude de l'expression génique différentielle et de la régulation des gènes par le séquençage RNA-Seq
- Analyse des variations génétiques, des mutations somatiques et de la variation de l'ADN
- Exploration des données épigénétiques et des modifications de la chromatine par le séquençage ChIP-Seq ou Bisulfite-Seq
Méthodes pédagogiques
Alternance de méthodes pédagogiques variées, adaptées aux différentes capacités à acquérir. Des cours magistraux permettront aux stagiaires d'acquérir les connaissances théoriques nécessaires, tandis que des travaux pratiques leur permettront de se familiariser avec les techniques d'analyse et de diagnostic. Des études de cas seront également proposées, afin d'encourager les stagiaires à développer leur esprit d'analyse et de synthèse.
Les parties théoriques se déroule en grand groupe d'apprenants. Les activités alternant entre cours magistraux
(méthode transmissive) ou de travaux dirigés sous forme d'étude de cas (méthode interrogative).
Des travaux pratiques (seul ou en petit groupe) avec le matériel adéquat (méthode active) permet de faire le
lien entre savoirs et savoir-faire pour permettre l'ancrage des nouvelles capacités professionnels.
Groupes composés d'environ 4 à 15 personnes
Modalités d'évaluation
Une évaluation formative sera réalisée tout au long du programme afin de permettre aux formateurs de fournir un retour régulier aux participants et de les aider à progresser dans leur apprentissage. Elle pourra prendre la forme d'exercices pratiques, de discussions de groupe ou de QCM.
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Avis et satisfaction
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