Bases du séquençage haut débit : de la théorie à la pratique à Pont-du-Château
Durée
3 jours, 21 heures
Localité
Pont-du-Château (63430)
Financement
Modalité
Prochaines sessions INTRA possibles dans votre LBM sur Pont-du-Château
Charte qualité Bioformation
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Objectifs
Comprendre les principes fondamentaux du séquençage haut débit
Maîtriser les techniques et les étapes clés du séquençage haut débit
Analyser et interpréter les données générées par le séquençage haut débit
Programme
Expliquer les principes et les technologies du séquençage haut débit
- Évolution du séquençage de l'ADN et introduction au séquençage haut débit
- Comparaison des principales technologies de séquençage haut débit : Illumina, Ion Torrent, PacBio, Oxford Nanopore, etc.
- Principe de base de la génération de données de séquençage haut débit
Décrire les étapes pré-séquençage
- Extraction et purification de l'ADN ou de l'ARN à partir d'échantillons biologiques
- Préparation des bibliothèques d'ADN ou d'ARN pour le séquençage
- Contrôles de qualité et quantification des échantillons avant le séquençage
Décrire les étapes de séquençage
- Introduction aux techniques d'amplification et de clonage pour l'amplification des échantillons avant le séquençage
- Utilisation des plates-formes de séquençage haut débit pour la génération de données
- Principe de la lecture des séquences et de la génération des signaux
Analyser les données de séquençage haut débit
- Contrôle qualité des données brutes et filtrage des séquences de mauvaise qualité
- Alignement des lectures sur un génome de référence ou assemblage de novo des séquences
- Analyse des variants génétiques, détection des mutations, et annotation des résultats
Interpréter les résultats et analyser les données
- Étude de l'expression génique différentielle et de la régulation des gènes par le séquençage RNA-Seq
- Analyse des variations génétiques, des mutations somatiques et de la variation de l'ADN
- Exploration des données épigénétiques et des modifications de la chromatine par le séquençage ChIP-Seq ou Bisulfite-Seq
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