Comprendre le séquençage ngs (next generation sequencing)
Durée
2 jours, 14 heures
Modalité
Objectifs
Comprendre les principes fondamentaux du séquençage digital d'adn ou séquençage nouvelle génération ngs
Construire un protocole expérimental dédié à l'analyse d'un gène d'un groupe de gènes d'un génome ou d'un transcriptome
Comprendre les différentes technologies disponibles aujourd'hui 454 illumina et iontorrent
Prérequis
Connaissances de base en biologie moléculaire et en PCR
Public cible
Technicien, Cadre, Biologiste, Ingénieur, Chercheur
Financement
- OPCO
- France Travail
Programme
Décrire les principes fondamentaux du séquençage ngs
- Introduction au séquençage NGS : historique et évolution.
- Principe de base du séquençage NGS : technologie, avantages et limites.
- Types de séquençage NGS : séquençage de l'ADN, de l'ARN, du génome complet, du exome, etc.
Expliquer le processus de préparation des échantillons pour le séquençage ngs
- Préparation des échantillons : extraction de l'ADN/ARN, quantification et contrôle qualité.
- Préparation de la librairie : fragmentation, ajout d'adaptateurs et amplification.
- Contrôle qualité de la librairie et quantification.
Présenter les différentes technologies de deuxième et troisième génération illumina ion torrent mgi aviti pacbio oxford nanopore
- Capacité
- Flow cell
- Gestion des librairies
- Utilisations et applications
Analyser et sélectionner les données issues du séquençage ngs
- Introduction à l'analyse des données NGS : alignement, identification des variants, annotation.
- Identification de SNPs, gènes individuels, ou groupe de gènes.
- Logiciels et outils pour l'analyse des données NGS
- Interprétation des résultats : identification des variants pathogènes, analyse comparative, etc.
- Application en recherche fondamentale: régulation des gènes et épigénétique
Évaluer les différentes méthodes de séquençage ngs et choisir la plus adaptée à une situation donnée
- Reséquençage de gènes et de génomes (bactériens ou eucaryotes).
- Analyse d'ARN, miRNA ou transcriptome.
- Séquençage de novo.
- Comparaison des différentes méthodes de séquençage NGS : avantages, limites et applications.
- Choix de la méthode de séquençage NGS : critères de choix, coût, délai, précision, etc.
Présenter les résultats du séquençage
- Présentation du logiciel
- Principes du contrôle qualité des données
- Concertation biologique et intégration des données cliniques
Méthodes pédagogiques
Alternance de méthodes pédagogiques variées, adaptées aux différentes compétences à acquérir. Des cours magistraux permettront aux stagiaires d'acquérir les connaissances théoriques nécessaires, tandis que des travaux pratiques leur permettront de se familiariser avec les techniques d'analyse et de diagnostic. Des études de cas seront également proposées, afin d'encourager les stagiaires à développer leur esprit d'analyse et de synthèse.
Modalités d'évaluation
Une évaluation formative sera réalisée tout au long du programme afin de permettre aux formateurs de fournir un retour régulier aux participants et de les aider à progresser dans leur apprentissage. Elle pourra prendre la forme d'exercices pratiques, de discussions de groupe ou de QCM.
En savoir plus
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