Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) à Union
Durée
2 jours, 14 heures
Localité
Union (31240)
Financement
Modalité
Prochaines sessions INTRA possibles dans votre LBM sur Union
Charte qualité Bioformation
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Objectifs
Comprendre les principes fondamentaux du séquençage digital d'adn ou séquençage nouvelle génération ngs
Construire un protocole expérimental dédié à l'analyse d'un gène d'un groupe de gènes d'un génome ou d'un transcriptome
Comprendre les différentes technologies disponibles aujourd'hui 454 illumina et iontorrent
Programme
Décrire les principes fondamentaux du séquençage ngs
- Introduction au séquençage NGS : historique et évolution.
- Principe de base du séquençage NGS : technologie, avantages et limites.
- Types de séquençage NGS : séquençage de l'ADN, de l'ARN, du génome complet, du exome, etc.
Expliquer le processus de préparation des échantillons pour le séquençage ngs
- Préparation des échantillons : extraction de l'ADN/ARN, quantification et contrôle qualité.
- Préparation de la librairie : fragmentation, ajout d'adaptateurs et amplification.
- Contrôle qualité de la librairie et quantification.
Présenter les différentes technologies de deuxième et troisième génération illumina ion torrent mgi aviti pacbio oxford nanopore
- Capacité
- Flow cell
- Gestion des librairies
- Utilisations et applications
Analyser et sélectionner les données issues du séquençage ngs
- Introduction à l'analyse des données NGS : alignement, identification des variants, annotation.
- Identification de SNPs, gènes individuels, ou groupe de gènes.
- Logiciels et outils pour l'analyse des données NGS
- Interprétation des résultats : identification des variants pathogènes, analyse comparative, etc.
- Application en recherche fondamentale: régulation des gènes et épigénétique
Évaluer les différentes méthodes de séquençage ngs et choisir la plus adaptée à une situation donnée
- Reséquençage de gènes et de génomes (bactériens ou eucaryotes).
- Analyse d'ARN, miRNA ou transcriptome.
- Séquençage de novo.
- Comparaison des différentes méthodes de séquençage NGS : avantages, limites et applications.
- Choix de la méthode de séquençage NGS : critères de choix, coût, délai, précision, etc.
Présenter les résultats du séquençage
- Présentation du logiciel
- Principes du contrôle qualité des données
- Concertation biologique et intégration des données cliniques
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