Objectifs de cette formation de 2 jours

Comprendre les principes fondamentaux du séquençage digital d’ADN, ou Séquençage Nouvelle Génération (NGS)
Construire un protocole expérimental dédié à l’analyse d’un gène, d’un groupe de gènes, d’un génome, ou d’un transcriptome
Comprendre les différentes technologies disponibles aujourd’hui (454, Illumina et IonTorrent)
Comprendre les bases des protocoles (matériel de départ, construction des librairies, séquençage, validation des résultats)
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DURÉE

2 jours
soit 14 heures

PUBLIC

Technicien, Cadre, Biologiste, Ingénieur, Chercheur

PRÉ-REQUIS

Connaissances de base en biologie moléculaire et en PCR
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Programme de la formation

Jour 1 - Matin

1. Décrire les principes fondamentaux du séquençage NGS
  • Introduction au séquençage NGS : historique et évolution.
  • Principe de base du séquençage NGS : technologie, avantages et limites.
  • Types de séquençage NGS : séquençage de l'ADN, de l'ARN, du génome complet, du exome, etc.
2. Expliquer le processus de préparation des échantillons pour le séquençage NGS
  • Préparation des échantillons : extraction de l'ADN/ARN, quantification et contrôle qualité.
  • Préparation de la librairie : fragmentation, ajout d'adaptateurs et amplification.
  • Contrôle qualité de la librairie et quantification.

Jour 1 - Après-midi

3. Présenter les différentes technologies de deuxième et troisième génération (Illumina, Ion Torrent, MGI, AVITI, PacBio, Oxford Nanopore
  • Capacité
  • Flow cell
  • Gestion des librairies
  • Utilisations et applications

Jour 2 - Matin

4. Analyser et sélectionner les données issues du séquençage NGS
  • Introduction à l'analyse des données NGS : alignement, identification des variants, annotation.
  • Identification de SNPs, gènes individuels, ou groupe de gènes.
  • Logiciels et outils pour l'analyse des données NGS
  • Interprétation des résultats : identification des variants pathogènes, analyse comparative, etc.
  • Application en recherche fondamentale: régulation des gènes et épigénétique
5. Évaluer les différentes méthodes de séquençage NGS et choisir la plus adaptée à une situation donnée
  • Reséquençage de gènes et de génomes (bactériens ou eucaryotes).
  • Analyse d’ARN, miRNA ou transcriptome.
  • Séquençage de novo.
  • Comparaison des différentes méthodes de séquençage NGS : avantages, limites et applications.
  • Choix de la méthode de séquençage NGS : critères de choix, coût, délai, précision, etc.

Jour 2 - Après-midi

6. Présenter les résultats du séquençage
  • Présentation du logiciel
  • Principes du contrôle qualité des données
  • Concertation biologique et intégration des données cliniques
Dernière date de modification : 2023-07-31

Pédagogie

Méthodes pédagogiques :

Alternance de méthodes pédagogiques variées, adaptées aux différentes compétences à acquérir. Des cours magistraux permettront aux stagiaires d'acquérir les connaissances théoriques nécessaires, tandis que des travaux pratiques leur permettront de se familiariser avec les techniques d'analyse et de diagnostic. Des études de cas seront également proposées, afin d'encourager les stagiaires à développer leur esprit d'analyse et de synthèse.

Modalités d’évaluation :

Une évaluation formative sera réalisée tout au long du programme afin de permettre aux formateurs de fournir un retour régulier aux participants et de les aider à progresser dans leur apprentissage. Elle pourra prendre la forme d'exercices pratiques, de discussions de groupe ou de QCM.

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Sessions INTRA : Villes dans lequelles nous organisons la formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing)

Formation Code Postal Département
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Paris 75000 Paris
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Marseille 13000 Bouches-du-Rhône
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Toulouse 31500 Haute-Garonne
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Bordeaux 33300 Gironde
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Montpellier 34000 Hérault
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Lille 59800 Nord
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Strasbourg 67000 Bas-Rhin
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Lyon 69000 Rhône
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Toulon 83200 Var
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Grenoble 38000 Isère
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Nantes 44200 Loire-Atlantique
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Dijon 21000 Côte-d'Or
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Nimes 30000 Gard
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Rennes 35000 Ille-et-Vilaine
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Saint Etienne 42000 Loire
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Orleans 45000 Loiret
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Clermont Ferrand 63000 Puy-de-Dôme
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Annecy 74000 Haute-Savoie
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Versailles 78000 Yvelines
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Avignon 84000 Vaucluse
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Evry 91000 Essonne
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Nanterre 92000 Hauts-de-Seine
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Saint Denis 93200 Seine-Saint-Denis
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Angers 49000 Maine-et-Loire
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Brest 29200 Finistère
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Metz 57050 Moselle
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Caen 14000 Calvados
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Mulhouse 68100 Haut-Rhin
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Nancy 54100 Meurthe-et-Moselle
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) La Rochelle 17000 Charente-Maritime
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Agen 47000 Lot-et-Garonne
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Albi 81990 Tarn
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Alençon 61000 Orne
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Amiens 80090 Somme
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Angoulême 16000 Charente
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Argenteuil 95100 Val-d'Oise
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Arras 62000 Pas-de-Calais
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Auch 32810 Gers
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Aurillac 15000 Cantal
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Auxerre 89000 Yonne
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Belfort 90000 Territoire de Belfort
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Besançon 25000 Doubs
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Blois 41000 Loir-et-Cher
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Bourg en Bresse 01000 Ain
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Bourges 18000 Cher
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Cahors 46000 Lot
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Carcassonne 11000 Aude
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Châlons en Champagne 51000 Marne
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Chambéry 73000 Savoie
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Chartres 28000 Eure-et-Loir
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Châteauroux 05380 Hautes-Alpes
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Colmar 68000 Haut-Rhin
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Créteil 94000 Val-de-Marne
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Digne les Bains 04000 Alpes-de-Haute-Provence
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Epinal 88000 Vosges
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Evreux 27000 Eure
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Gap 05000 Hautes-Alpes
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Guéret 23000 Creuse
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) La Roche sur Yon 85000 Vendée
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Laval 53000 Mayenne
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Le Mans 72100 Sarthe
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Limoges 87280 Haute-Vienne
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Mâcon 71870 Saône-et-Loire
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Melun 77000 Seine-et-Marne
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Mende 48000 Lozère
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Montauban 82000 Tarn-et-Garonne
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Moulins 03000 Allier
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Nevers 58000 Nièvre
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Niort 79000 Deux-Sèvres
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Périgueux 24000 Dordogne
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Perpignan 66100 Pyrénées-Orientales
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Poitiers 86000 Vienne
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Quimper 29000 Finistère
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Reims 51100 Marne
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Rodez 12000 Aveyron
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Rouen 76100 Seine-Maritime
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Saint Brieuc 22000 Côtes-d'Armor
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Saint Lô 50000 Manche
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Tarbes 65000 Hautes-Pyrénées
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Tours 37100 Indre-et-Loire
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Valence 26000 Drôme
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Vannes 56000 Morbihan
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Vesoul 70000 Haute-Saône
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Pau 64000 Pyrénées-Atlantiques
Formation Comprendre le séquençage NGS (Next Generation Sequencing) Mont de Marsan 40000 Landes
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